En 1962 tuvo lugar el Primer Congreso Catequístico Nacional en Buenos Aires. Un numeroso grupo de catequistas de la diócesis, bajo la dirección de Mons. Agustín Casanova, párroco de Ntra. Sra. De los Remedios, de Remedios de Escalada, y asesor de la Junta Catequística Diocesana, asistió a este Congreso. En el mismo se impulsó la intensificación de la acción catequística con una característica bíblica y litúrgica, con un cuidado especial en la formación de catequistas y una preocupación por la organización de la labor catequística.

De 1962 a 1965 tuvo lugar el Concilio Vaticano II que dio pautas claras sobre la renovación doctrinal y pastoral de la Iglesia universal. El Concilio impulsó más todavía la necesidad de renovar y vitalizar la catequesis en toda su amplitud.

Para este fin fue fundado en Lomas de Zamora, en 1963, un Seminario para la formación de catequistas. Este estuvo bajo la dirección de Mons. Agustín Casanova hasta el año 1966. Desde 1967 estuvo a cargo del Pbro. Francisco de Vos, miembro de la Junta Catequística Central y rector del ISCA y, desde 1967, director de la Junta Catequística Diocesana.

Desde su comienzo, el Seminario catequístico, que tenía una duración de dos años, con 120 horas de clase por año, se rigió en cuanto a programas, por el espíritu renovador del Concilio Vaticano II y a partir de 1971 estuvo orientado por los “lineamientos básicos para los Seminarios Catequísticos Diocesanos” de la Junta Catequística Central. Los programas fueron aprobados en todo momento por los obispos respectivos.

Por razones de distancia y horarios, los Seminarios empezaron a multiplicarse. La Junta Catequística diocesana fundó Seminarios en distintos lugares del territorio diocesanos: dos en Lanús, en Adrogué, en Monte Grande, en Guernica, en Ingeniero Budge y en Tristán Suarez; todos con el mismo espíritu  requerida para la catequesis escolar, fundamentalmente en las escuelas secundarias, surgió la necesidad de organizar un ciclo superior del Seminario Catequístico, comúnmente llamado “Profesorado en Catequesis”.  Éste se fundó en 1981 con sede en Lomas de Zamora y una duración de cuatro años.

Así es que en 1997, viendo la necesidad de contar en la diócesis con catequistas formados y titulados como docentes, con un esfuerzo conjunto entre los equipos de profesores de ambas instituciones, se decide presentar ante el Consejo General de Cultura y Educación de la Pcia. de Bs. As. el “Profesorado en Catequesis”, el que fuera aprobado durante ese año.

Continuando con la impronta capacitadora del Instituto, en julio del año 2007, se abre el Postítulo para Profesoras especializadas en Jardín Maternal (Resolución 181/88), carrera de especialización para maestras jardineras que, debido a la gran demanda inicial, abre con dos comisiones y un total de 120 alumnos-docentes.

La modificación de todos los planes de estudio de nivel superior de la Provincia, como fruto de los acuerdos federales, transforma, a partir de 2001, el Profesorado en Catequesis en el actual Profesorado en Ciencia Sagrada que también se aprobara en el Consejo General de Cultura y Educación tras la presentación  de la propuesta curricular realizada por el Instituto.  Adecuándose a la nomenclatura de títulos acordada en el seno del Consejo Federal de Cultura y educación se garantiza, para la carrera, la validez nacional del título que se otorga por la Resolución Nro. 858/ 2002 del Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología de la Nación.

La carrera de Capacitación para la Función Supervisora Docente ya no volverá a abrirse pero la de Capacitación docente, modificada  en dos oportunidades, primero bajo la nominación de “Postítulo de Formación Docente para Técnicos Superiores” matricula profesionales y técnicos nuevamente desde 2003, hasta el año 2006 en el que una vez más la jurisdicción decide discontinuar dicha oferta.

También las carreras de postítulo se modifican. A partir del año 2003 cada Instituto Superior puede presentar proyectos de postítulo que la jurisdicción aprueba para el año siguiente con la posibilidad de replicarlo un año más.  El Instituto Pedro Goyena presenta el “Postítulo de Institucionalización temprana a la diversidad” (Res. 3568/04) que se ofrece para 2004 y 2005).

En marzo de 2006 el Instituto muda su sede a la calle Sáenz en el mismo predio en que funciona la Junta Catequística Diocesana y trabaja arduamente para sostener la calidad académica en la formación de los Profesores en Ciencia Sagrada y para mantener su oferta de capacitación para profesionales, hecho por el cual se firma un acuerdo con la Universidad Católica de la Plata.

Actualmente el 92 % de los egresados está trabajando en escuelas confesionales y no confesionales, de esta diócesis y de diócesis varias, hecho que permite afirmar que la tarea para la cual fue creado el Instituto está en camino y que el desafío de seguir velando por egresados capaces de insertarse en distintas instituciones del ámbito educativo.